Методология данного междисциплинарного и межвузовского проекта основана на выявлении, анализе и изучении первичных архивных источников. Она опирается на архивные исследования, проведенные в разных странах Черноморского бассейна и западноевропейских архивах. Основными методами исследования являются исторические; задействованы междисциплинарные подходы к изучению географии, транспорта, экономики, политики, социологии, религии, антропологии, градостроительства и архитектуры.

Исследование проходило по следующим шести направлениям:

1. Черное море как объект исследования. Морская среда и портовые системы.
2. Шесть морских районов. Экономическое и социальное развитие двадцати четырех портовых городов.
3. Внешний вид городов. Градостроительство и архитектура.
4. Макроанализ. Формирование макроэкономических  статистических серий.Сравнение с мировой экономикой.
5. Микроанализ. Торговые элиты и основные семьи греческих предпринимателей.
6. Связи Черного моря со Средиземноморьем.

Краткое описание указанных выше шести направлений:

1. Черное море как объект исследования. Морская среда и шесть портовых систем.

Ответственные за направление: Группа 1 и 6.

а) Структура моря. Анализ морской среды, геоморфология/океанография, реки, геополитические и морские карты. Геоморфология окружающей среды и крупные реки, которые впадают в Черное море, в значительной степени предопределили выбор места основания портовых городов.

б) Пять морских районов. В этой части проведено выявление портовых систем и инфраструктуры, каботажных и периферийных систем ближних морских перевозок, а также рыбной ловли. Формирование портовой инфраструктуры рассмотрено диахронически, с момента возникновения в начале XIX века до ее установления в начале XX века и в сравнительной перспективе с началом XXI века.

Различают пять морских районов Черного моря, которые формируют пять основных портовых систем, обеспечивающих потребности морского транспорта на короткие и длинные расстояния. Укажем их с запада на восток: первым морским районом является Юго-западное побережье Черного моря (современная Болгария), с основными портами Варна и Бургас. Вторым морским районом является Северо-восточное побережье Черного моря (ныне Румыния), который, главным образом, включает Констанцу и порты на Дунае – Галац и Браилу. Третий морской район охватывает портовые города, расположенные на северном побережье Черного моря - это Одесса и Николаев, а также  крымские портовые города Евпаторию, Севастополь и Феодосию. Четвертый морской район находится на Восточном побережье (разделен в настоящее между Украиной и Россией), включает в основном такие портовые города как Керчь, Бердянск, Мариуполь, Таганрог, Ростов, Новороссийск и Батуми. Пятый морской район включает в себя Южные черноморские порты Трабзон, Гиресун, Самсун, Синоп, Стамбул.

2. Экономическое и социальное развитие двадцати четырех портовых городов.

Ответственные лица  за направление: Группа 1, 2, 3, 4.

Бургас, Варна, Констанца, Браила, Галац, Одесса, Николаев, Херсон, Евпатория, Севастополь, Феодосия, Керчь, Бердянск, Мариуполь, Таганрог, Ростов-на-Дону, Новороссийск, Батуми, Трабзон, Гиресун, Самсун, Синоп, Стамбул и  Нежин - как «сухопутный порт».

По каждому городу собраны следующие архивные материалы:

а) Демографические статистические данные и анализ состава населения (этнические меньшинства, и т.д.). Иммиграция.

б) Социальная структура; Этнические меньшинства и местное население. Выявление церквей / синагог / мечетей. Использование церковно-приходских архивов православных церквей для выявления и регистрации греческих общин. Регистрация местных и иностранных предпринимателей (купцов и судовладельцев), принимающих участие во внешней торговле. Несмотря на то, что акцент сделан на греков, для полного и сравнительного анализа рассмотрены и включены в исследование все этнические / религиозные меньшинства, армяне, евреи, мусульмане, а также представители Центральной и Западной Европы (австрийцы, поляки, немцы, итальянцы, англичане и др.).

в) Развитие инфраструктуры, дороги, железные дороги, порты, театры, школы и т.д.

г) Совокупные и аналитические данные по торговле, судоходству, банкам, страховым компаниям и промышленности.

3. Внешний вид городов. Градостроительство и архитектура.

Ответственные лица за направление: Группа 5.

4. Макроанализ. Формирование макроэкономических статистических серий.

 Сравнение с мировой экономикой.

Ответственные лица за направление: Группа 4.

Анализ предполагает макровзгляд, связанный с общим изучением и формированием в период c XVIII до XX века статистических рядов по приросту населения, заработной платы, сельскохозяйственному производству, в частности, производству зерна и экспорту из региона в целом. А также судоходству и морскому транспорту наравне с серией данных по фрахтовым ставкам для морского транспорта, ценам и показателям региональных сближений. Взаимосвязям с главными средиземноморскими и североевропейскими портами для сравнения Черноморского региона с другими, например, Балтийским, Североатлантическим или регионом Юго-Восточной Азии.

5. Торговые элиты и основные семьи предпринимателей в каждом городе-порте.

Ответственные лица за направление: Группа 1.

Выявление ведущих групп предпринимателей в каждом портовом городе и внутрирегиональное сравнение связей основных семей в различных Черноморских портовых городах с западноевропейскими портами Средиземноморья и Атлантики. Архивные исследования для создания историй семейного бизнеса в сфере международного предпринимательства.

6. Связи Черного моря со Средиземноморьем.

Ответственные лица за направление: Группа 3.

Деловые связи предпринимателей выявлены между портовыми городами Черного моря, в основном, с итальянскими портами (Триест-Генова), французскими портами (Марсель) и испанскими портами (Барселона).